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Python物理学高效计算 PDF 下载
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资源简介: 本书介绍了如何通过Python自动化地完成物理领域方面的研究。全书共分为4个部分,以Python代码为示例向读者介绍了如何用Python解决物理项目中出现的各种问题。第 1部分(第 1~6章):起步,介绍Python的基本知识,如命令行、数据容器、类和对象等。第 2部分(第7~13章):上手,主要介绍正则表达式、数据可视化、存储数据等实用知识。第3部分(第 14~18章):完善,介绍如何构建流程和软件、版本控制、调试和控制代码等。第4部分(第 19~23章):发布,介绍如何为代码生成文档、如何提高协作效率和软件*以及版权的相关知识等。 本书适合想要通过Python减少工作量的物理学领域的研究人员阅读,也适合想要学习如何通过Python编程解决物理问题的读者参考。 资源目录: 第 一部分 起步 第 1章 命令行简介 3 1.1 Shell概览 3 1.1.1 Shell是 一 款编程 语言 4 1.1.2 路径和pwd 5 1.1.3 主目录(~) 7 1.1.4 列出内容(ls) 8 1.1.5 更改目录(cd) 9 1.1.6 查看文件内容(head 和tail命令) 12 1.2 操作文件和目录 12 1.2.1 创建文件(nano、emacs、 vi、cat、>、 touch) 12 1.2.2 复制和重命名文件 (cp和mv) 17 1.2.3 创建目录 (mkdir) 18 1.2.4 删除文件和目录 (rm) 19 1.2.5 标志和通配符 21 1.3 获取帮助 22 1.3.1 阅读程序手册 (man) 22 1.3.2 找到正确的 工具(apropos) 24 1.3.3 用重定向和管道组合 多个实用程序 (>、>>、|) 25 1.4 权限和共享 26 1.4.1 查看权限(ls ?Cl) 27 1.4.2 设置所有权 28 1.4.3 设置权限 (chmod) 29 1.4.4 创建链接(ln) 29 1.4.5 连接其他计算机 (ssh和scp) 30 1.5 环境 31 1.5.1 保存环境变量 (.bashrc) 33 1.5.2 运行程序 (PATH) 34 1.5.3 别名命令 (alias) 35 1.6 使用bash编写脚本 36 1.7 本章小结 38 第 2章 Python编程起步 39 2.1 运行Python 40 2.2 注释 41 2.3 变量 42 2.4 特殊变量 44 2.4.1 布尔值 44 2.4.2 None不是0! 45 2.4.3 NotImplemented 不是None! 45 2.5 操作符 45 2.6 字符串 49 2.6.1 字符串索引 50 2.6.2 字符串连接 52 2.6.3 字符串字面值 53 2.6.4 字符串方法 55 2.7 模块 56 2.7.1 导入模块 56 2.7.2 从模块中导入 变量 57 2.7.3 别名导入 58 2.7.4 导入变量别名 58 2.7.5 包 59 2.7.6 标准库和Python 生态系统 61 2.8 本章小结 62 第3章 基本容器 63 3.1 列表 64 3.2 元组 68 3.3 集合 69 3.4 字典 71 3.5 本章小结 73 第4章 流程控制和逻辑运算 75 4.1 条件语句 75 4.1.1 if-else语句 78 4.1.2 if-elif-else语句 79 4.1.3 if-else表达式 80 4.2 异常 80 4.2.1 抛出异常 81 4.3 循环 83 4.3.1 while循环 83 4.3.2 for循环 85 4.3.3 解析式 87 4.4 本章小结 90 第5章 使用函数 91 5.1 Python中的函数 91 5.2 关键字参数 94 5.3 变长参数 96 5.4 多返回值 98 5.5 作用域 99 5.6 递归 102 5.7 lambda 103 5.8 生成器 104 5.9 装饰器 107 5.10 本章小结 110 第6章 类和对象 112 6.1 面向对象 112 6.2 对象 113 6.3 类 117 6.3.1 类变量 118 6.3.2 实例变量 120 6.3.3 构造器 121 6.3.4 方法 123 6.3.5 静态方法 126 6.3.6 鸭子类型 127 6.3.7 多态 128 6.4 装饰器和元类 132 6.5 本章小结 134 第 2部分 上手 第7章 分析和可视化 139 7.1 准备数据 139 7.1.1 实验数据 143 7.1.2 模拟数据 144 7.1.3 元数据 145 7.2 载入数据 145 7.2.1 NumPy 146 7.2.2 PyTables 147 7.2.3 Pandas 147 7.2.4 Blaze 148 7.3 清理和改写数据 149 7.4 分析 153 7.4.1 模型驱动的分析 154 7.4.2 数据驱动的分析 155 7.5 可视化 156 7.5.1 可视化工具 157 7.5.2 gnuplot 158 7.5.3 matplotlib 160 7.5.4 Bokeh 165 7.5.5 Inkscape 167 7.6 本章小结 167 第8章 正则表达式 169 8.1 示例:杂乱的磁性 170 8.2 命令行中的元字符 171 8.2.1 用简单的模式 列出文件 172 8.2.2 根据模式全局查找 文件名(find) 173 8.3 grep、sed、awk 179 8.4 在文件中查找模式 (grep) 179 8.5 在文件中查找和替换 (sed) 181 8.5.1 查找和替换复杂 模式 183 8.5.2 sed额外内容 184 8.6 处理数据列(awk) 186 8.7 Python正则表达式 188 8.8 本章小结 190 第9章 NumPy:以数组的形式 思考 192 9.1 数组 193 9.2 dtype 195 9.3 切片和视图 198 9.4 算术和广播 200 9.5 花式索引 204 9.6 掩模 206 9.7 结构数组 209 9.8 通用函数 211 9.9 其他有用的函数 213 9.10 本章小结 215 第 10章 数据存储:文件和 HDF5 216 10.1 Python中的文件 217 10.2 关于计算机架构的一些说明 221 10.3 HDF5中的重要思想 223 10.4 文件处理 225 10.5 层次布局 227 10.6 分块 229 10.7 核内和核外操作 233 10.7.1 核内 233 10.7.2 核外 234 10.8 查询 235 10.9 压缩 236 10.10 HDF5工具 237 10.11 本章小结 239 第 11章 物理中重要的数据 结构 240 11.1 散列表 240 11.1.1 调整大小 242 11.1.2 冲突 243 11.2 数据框 245 11.2.1 Series 246 11.2.2 DataFrame结构 247 11.3 B数 250 11.4 k-d树 252 11.5 本章小结 256 第 12章 并行化执行 258 12.1 规模和扩展能力 259 12.2 问题分类 261 12.3 示例:N体问题 262 12.4 非并行 263 12.5 线程 267 12.6 多处理 273 12.7 MPI 276 12.8 本章小结 281 第 13章 软件部署 283 13.1 部署软件本身 284 13.1.1 pip 285 13.1.2 Conda 289 13.1.3 虚拟机 292 13.1.4 Docker 293 13.2 部署到云端 297 13.3 在超算上部署 299 13.4 本章小结 300 第3部分 完善 第 14章 构建流程和软件 305 14.1 make 306 14.1.1 运行make 308 14.1.2 makefile 308 14.1.3 目标 309 14.1.4 特殊目标 311 14.2 构建和运行软件 312 14.2.1 Makefile配置 313 14.2.2 编译 316 14.3 安装 316 14.4 本章小结 317 第 15章 本地版本控制 318 15.1 什么是版本控制 318 15.1.1 计算物理中的 实验室笔记本 319 15.1.2 版本控制工具的 类型 320 15.2 Git起步 320 15.2.1 安装Git 321 15.2.2 获取帮助 321 15.2.3 控制Git的行为 (git config) 322 15.3 使用Git进行本地版本 控制 323 15.3.1 创建本地库 (git init) 323 15.3.2 暂存文件 325 15.3.3 检查本地副本的状态 (git status) 326 15.3.4 保存快照 (git commit) 326 15.3.5 git log:查看 历史 329 15.3.6 查看改动 (git diff) 329 15.3.7 取消暂存或回滚文件 (git reset) 330 15.3.8 丢弃提交 (git revert) 331 15.3.9 列出、创建、删除分 支(git branch) 332 15.3.10 切换分支 (git checkout) 334 15.3.11 合并分支 (git merge) 334 15.3.12 处理冲突 336 15.4 本章小结 336 第 16章 远程版本控制 337 16.1 代码托管(github.com) 337 16.2 在GitHub上创建 代码库 339 16.3 声明远程库 (git remote) 339 16.4 向远程库发送提交 (git push) 340 16.5 下载代码库 (git clone) 341 16.6 从远程库获取内容 (git fetch) 344 16.7 合并远程库的内容 (git merge) 345 16.8 Pull等于Fetch加Merge (git pull) 345 16.9 冲突 346 16.10 解决冲突 347 16.11 本章小结 348 第 17章 调试 350 17.1 遇到一个bug 351 17.2 print语句 352 17.3 交互式调试 354 17.4 在Pythong中调试 (pdb) 355 17.4.1 设置跟踪点 356 17.4.2 步进 357 17.4.3 查询变量 358 17.4.4 设置状态 358 17.4.5 运行函数和 方法 359 17.4.6 继续执行 359 17.4.7 断点 360 17.5 剖析 360 17.5.1 使用pstats查看 剖析文件 361 17.5.2 可视化查看剖析 信息 361 17.5.3 使用Kernprof剖析 代码 364 17.6 linting 365 17.7 本章小结 366 第 18章 测试 368 18.1 为什么要做测试 369 18.2 什么时候写测试 369 18.3 在哪里编写测试 370 18.4 如何测试?测试哪些 内容 370 18.5 运行测试 373 18.6 边界情形 374 18.7 单元测试 376 18.8 集成测试 378 18.9 回归测试 380 18.10 测试生成器 380 18.11 测试覆盖 382 18.12 测试驱动开发 383 18.13 本章小结 386 第4部分 发布 第 19章 文档 389 19.1 为什么文档很重要 389 19.1.1 文档非常有价值 390 19.1.2 编写文档比想象的 要简单 390 19.2 文档类型 391 19.2.1 理论手册 391 19.2.2 用户和开 发 者 指南 392 19.2.3 readme文件 392 19.2.4 注释 393 19.2.5 自文档代码 395 19.2.6 文档字符串 396 19.3 自动化 397 19.4 本章小结 401 第 20章 出版 402 20.1 文档处理 403 20.1.1 格式和内容 分离 403 20.1.2 跟踪改动 404 20.2 文本编辑器 404 20.3 标记语言 405 20.3.1 LaTeX 406 20.3.2 参考文献 416 20.4 本章小结 419 第 21章 协作 421 21.1 任务单系统 422 21.1.1 工作流程概览 422 21.1.2 创建问题 424 21.1.3 分配问题 425 21.1.4 讨论问题 426 21.1.5 关闭问题 427 21.2 拉取请求和代码审查 427 21.2.1 提交拉取请求 428 21.2.2 审查合并请求 428 21.2.3 合并拉取请求 429 21.3 本章小结 429 第 22章 许可证、所有权和 版权 430 22.1 哪些内容可赋予版权 431 22.2 首 次发布权 431 22.3 什么是公共领域 432 22.4 选择一个软件许可证 432 22.5 伯克利软件发布 许可证(BSD) 434 22.6 GNU General Public License (GPL) 436 22.7 知识共享(CC) 437 22.8 其他许可证 438 22.9 更换许可证 440 22.10 版权不是一切 441 22.11 本章小结 442 第 23章 关于计算物理进一步 思考 443 术语 447 |