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摘要

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前言

第1章 Gephi简介

1.1 Gephi是做什么的

1.1.1 Gephi分析怎样的“网络”

1.1.2 Gephi怎样“分析”网络

1.2 Gephi基本情况

1.2.1 Gephi特性

1.2.2 Gephi开发简史

1.2.3 Gephi的基本链接

1.3 Gephi创始人访谈：符号学的重要性

第2章 Gephi的安装

2.1 下载Gephi

2.2 安装Gephi

2.3 Java运行时环境管理

2.3.1 Gephi需要Java运行环境的支持

2.3.2 检查Java版本

2.3.3 Java的下载与安装

2.3.4 Java虚拟机无法启动的处理

第3章 Gephi的界面与编辑工具

3.1 Gephi的启动界面

3.2 Gephi主界面

3.2.1 图窗体

3.2.2 4个编辑工具的位置

3.3 4个编辑工具的基本介绍

3.3.1 布局

3.3.2 统计

3.3.3 外观

3.3.4 滤波

3.4 Gephi的整体操作流程

第4章 图窗体的编辑工具和设置工具

4.1 图窗体编辑工具

4.1.1 全屏显示

4.1.2 鼠标选取范围尺寸调整

4.1.3 单选

4.1.4 矩形选取

4.1.5 移动

4.1.6 单节点涂色

4.1.7 节点大小调整

4.1.8 关联节点涂色

4.1.9 新建节点

4.1.10 新建边

4.1.11 节点距离（最短路径）

4.1.12 节点范围（距离涂色）

4.1.13 节点属性

4.2 图窗体设置工具

第5章 数据

5.1 Gephi图形的记录方式

5.1.1 图形实例

5.1.2 图形在文件中是如何存储的

5.1.3 图形在Gephi数据资料界面中如何记录

5.2 数据资料的输入

5.2.1 输入节点

5.2.2 输入边

5.3 CSV数据的导入与导出

5.3.1 节点CSV数据

5.3.2 边CSV数据

5.4 随机图生成

5.5 动态数据

第6章 外观

6.1节点

6.2 边

6.3 更新带来的变化

第7章 布局

7.1 布局的基本操作界面

7.2 默认布局

7.2.1 Force Atlas布局

7.2.2 Force Atlas 2布局

7.2.3 Fruchterman Reingold布局

7.2.4 Noverlap布局

7.2.5 OpenOrd布局

7.2.6 Rotate布局

7.2.7 Yifan Hu布局

7.2.8 Yifan Hu比例布局

7.2.9 扩展/收缩布局

7.2.10 标签调整布局

7.2.11 随机布局

7.3 6种力引导布局的比较

7.3.1 使用Force Atlas布局

7.3.2 使用Force Atlas 2布局

7.3.3 使用Fruchterman Reingold布局

7.3.4 使用OpenOrd布局

7.3.5 使用Yifan Hu布局

7.3.6 使用Yifan Hu比例布局

第8章 过滤

8.1 过滤的操作界面

8.1.1 4个与过滤有关的工具

8.1.2 过滤的分类选择工具

8.1.3 过滤的查询工具

8.2 过滤的使用方法

8.2.1 动态

8.2.2 属性

8.2.3 拓扑

8.2.4 操作分类

8.2.5 边

第9章 统计

9.1 统计的界面

9.2 统计的运行方式

9.3 统计的介绍

9.3.1 网络概述

9.3.2 节点概述

9.3.3 边概述

9.3.4 动态

第10章 Gephi的预览界面

10.1 预览显示区操作区域

10.2 预览显示区底部工具区域

10.3 预览设置区底部工具区域

10.4 预览设置区操作区域

第11章 Gephi的颜色选取工具

11.1 Choose a Color

11.1.1 HSB

11.1.2 RGB

11.1.3 Hex

11.2 节点、边、标签的颜色设置

11.3 颜色渐变选取条

11.3.1 渐变选取的作用

11.3.2 颜色定义点的添加与删除

11.3.3 颜色定义点颜色的选取

11.4 分区

11.5 多选项卡的颜色选取框

第12章 Gephi空间坐标

12.1 Gephi的X、Y、Z空间坐标

12.2 编辑节点的坐标

第13章 CSV与Gephi

13.1 什么是CSV

13.2 从什么地方可以得到CSV

13.3 创建一个CSV文件导入到Gephi

13.4 举例：创建“西游记爱慕关系CSV数据”并导入到Gephi

13.4.1 在Excel中创建节点与边的数据

13.4.2 导出为CSV文件

13.4.3 导入到Gephi中

13.5 Gephi对特殊格式的CSV文件的支持

13.5.1 特殊格式一

13.5.2 特殊格式二

13.5.3 特殊格式三

13.6 Gephi对矩阵形式的CSV文件的支持

第14章 动态图

14.1 用动态图实现两个例子

14.1.1 例子1——生命

14.1.2 例子2——婚姻关系

14.2 Gephi动态数据的特性

14.3 编辑节点和边的动态数据

14.3.1 生命数据的编辑

14.3.2 婚姻数据的编辑

14.4 动态展示

14.4.1 基本展示方法

14.4.2 动态数据设置方法

第15章 Gephi的插件管理

15.1 旧版Gephi商店介绍

15.2 新版Gephi商店介绍

15.3 Gephi插件管理程序

第16章 Gephi编程

16.1 参与Gephi开发

16.1.1 获取Gephi源代码

16.1.2 编译Gephi源代码

16.1.3 修改Gephi源代码

16.2 开发Gephi插件

16.2.1 Gephi源代码概述

16.2.2 开发一个Gephi布局插件

16.3 Gephi Toolkit

16.3.1 Gephi Toolkit介绍

16.3.2 使用Gephi Toolkit开发自己的图应用程序

附录A 代码

附录B 为Gephi提供算法基础的论文